OSCAR: Instalación OSCAR 10.06 en Ubuntu 10.04

Actualización de la guía de instalación a OSCAR 10.06 en Ubuntu 10.04 LTS

Instalación manual básica

Esta sección es una guía para usuarios con conocimiento técnico intermedio que quieran instalar y configurar su propio sistema OSCAR. La misma permite la instalación de la versión más nueva, “de punta”, que las versiones ya compiladas que están disponibles.

Prólogo

Esta instalación básica es adecuada para instalar OSCAR localmente. Muchos usuarios prefieren instalar OSCAR como un servidor y acceder al mismo desde otra computadora a través de un navegador web. La instalación como servidor requerirá medidas de seguridad adicionales.

Historial de versiones del documento

v1.0 – publicación inicial en oscarmanual.org– Mayo 2, 2010
v1.1 – ajuste de fecha en CVS. Mayo 3, 2010
v1.2 – eliminadas soluciones luego de reparación de errores. Mayo 5, 2010
v1.3 – traspaso a new.oscarmanaual.org on Junio 26, 2010
v1.4 – script modificado para version 10_06 Julio 1, 2010
v1.5 – se agrega solución para exportar información Julio 7, 2010
v1.6 – corregido error tipográfico Julio 26, 2010
v1.7 – se agregan capturas de pantallas Aug 23, 2010

Este documento es una modificación realizada por Peter Hutten-Czapski, de las instrucciones de David Daley, con actualización a las versiones estables actuales de Ubuntu y OSCAR. La traducción al castellano fue realizada por Santiago Dejo. El documento esta protegido por derechos de autor, copyright © 2010 bajo Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License

Contenido

Prólogo
Historial de versiones del documento
Requisitos previos
Instalando los paquetes de infraestructura
Configurando los paquetes base
Drugref2/3
Probando

Requisitos previos

Se asume que

Tiene instalada la versión Ubuntu 10.4 LTS "Lucid" (32/64 bit escritorio/servidor)
Tiene un nivel de conocimiento básico sobre Linux
Puede abrir una Terminal/Consola Linux
Puede utilizar un editor de texto en Linux
Puede copiar y pegar las siguientes instrucciones de manera EXACTA (los comandos en inglés no deben traducirse al castellano)

NOTA: Firefox copia con Control+C y en la terminal linux se pega con Shift+Control+V

Instalando los paquetes de infraestructura

OSCAR esta escrito predominantemente en Java, razón por la cual requiere Java SDK para ser compilado desde la fuente. Java SDK también soporta la estructura web Tomcat. A continuación se instalará Java.

Primero hay que habilitar el repositorio socios de ubuntu lucid (no esta habilitado por defecto). Para eso hay que editar el archivo sources.list

Un comentario sobre el comando – “vi” (editor visual) que es un editor de texto clásico de sistemas unix. Usuarios nuevos pueden sentirse más cómodos con otros editores de texto en Linux, en particular con “nano” si utilizan el terminal o “gedit” si utilizan una interfaz gráfica. Si va a utilizar un editor distinto, en las instrucciones, reemplace “vi” por el editor que desee.

sudo vi /etc/apt/sources.list

Descomentar la siguiente línea en /etc/apt/sources.list borrando el símbolo # al principio de la misma

#deb http://archive.canonical.com/ubuntu lucid partner

Esto permite acceder a software, como el Java de Oracle (Sun), de compañías (socios) que han llegado a un acuerdo con Cannonical (los desarrolladores de Ubuntu).

sudo apt-get update sudo apt-get install sun-java6-jdk

Durante la instalación de Java se le solicitará aceptar el acuerdo de licencia.

Seleccione yes con el mouse y click o con tab y enter para aceptarlo.

El proceso de compilación del código fuente de OSCAR es realizado por el paquete Ant.

sudo apt-get install ant-optional

La información y gestión de contenidos se guardan en la base de datos MySQL. En la secuencia de instalación se le solicitará crear una contraseña para administrar la base de datos.

Es importante recordar la misma ya que deberá ingresarla más adelante remplazando ****** en la línea de comandos. Si en la contraseña utiliza símbolos como “#,!, &,*, (, ), / , \ y $" (p.ej. cla&ve), debe utilizar una barra \ antes del mismo al remplazar los ****** (p.ej. cla\$ve).

sudo apt-get install mysql-server libmysql-java

Para la interfaz web de OSCAR, el sistema utiliza el Apache Tomcat como motor de aplicaciones web.

sudo apt-get install tomcat6

El Sistema de Versiones Concurrentes (Concurrent Versions System -CVS-) se utiliza para control del código fuente del proyecto OSCAR. Necesitará el paquete CVS para obtener el código fuente

.

sudo apt-get install cvs

Estos son todos los paquetes base necesarios. Ahora hay que reiniciar el servidor.

sudo shutdown -r now

Luego del reinicio del servidor, ingrese al mismo y proceda con la siguiente sección.

`Configurando los paquetes base`

Deben configurarse algunas variables de entorno.

sudo vi /etc/profile

Si esta instalando OSCAR en un servidor Ubuntu recién instalado, puede agregar las siguientes líneas al final del archivo.

JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-6-sun"

CATALINA_HOME="/usr/share/tomcat6"

CATALINA_BASE="/var/lib/tomcat6"

ANT_HOME="/usr/share/ant"

export JAVA_HOME CATALINA_HOME CATALINA_BASE ANT_HOME

Para cargar las nuevas variables de entorno debe correr el siguiente comando. Tenga en cuenta  que en este caso el comando sudo no es necesario.

source /etc/profile

La infraestructura esta lista, ahora es momento de obtener el código fuente de OSCAR. El primer comando cvs le solicitará una clave – no debe ingresar ninguna clave, solo presione la tecla Enter.

Si especifica una fecha/hora se asegura de obtener una versión específica que podrá rastrear. Si corre el comando sin la opción de fecha

-D "2010-07-31 23:59:59"

obtendrá la opción mas reciente tanto para British Columbia y Ontario. Usuarios de otros países deben utilizar también ésta versión.

Para obtener el código de una versión en particular debe especificarlo, de no ser así obtendrá el código de la rama en desarrollo. Si desea obtener la versión en desarrollo corra el comando sin la opciónes -D ni

-r RELEASE_10_06.

Este tutorial esta basado en los siguientes comandos.

mkdir -p $HOME/src/oscar_source

cd $HOME/src/oscar_source

cvs -d:pserver:anonymous@oscarmcmaster.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/oscarmcmaster login

cvs -z3 -r -d:pserver:anonymous@oscarmcmaster.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/oscarmcmaster co -r RELEASE_10_06 -D "2010-07-31 23:59:59" oscar_mcmaster

cvs

-d:pserver:anonymous@oscarmcmaster.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/oscarmcmaster logout

Demorará unos minutos la descarga del código. Una vez finalizada la descarga hay que compilar el código fuente de OSCAR.

cd $HOME/src/oscar_source/oscar_mcmaster/build

ant

Durante la compilación pueden mostrarse mensajes de alerta, puede ignorar los mismos siempre y cuando, al finalizar el proceso, reciba el siguiente mensaje que confirma que se compilo de manera correcta: BUILD SUCCESSFUL.

Copie el archivo WAR, que se generó al compilar, al servidor web.

sudo cp $HOME/src/oscar_source/oscar_mcmaster/build/tmp/*.war $CATALINA_BASE/webapps

OSCAR incluye los scripts para generar la base de datos MySQL. Cambie al directorio donde se encuentra el script.

cd $HOME/src/oscar_source/oscar_mcmaster/database/mysql

Debe correr solo uno de los siguientes comandos para crear la base de datos (A o B) !

A.) Los usuarios que deseen utilizar el sistema de facturación de Ontario deben utilizar el siguiente comando (reemplace

****** con la clave que creó al instalar MySQL):

./createdatabase_on.sh root ****** oscar_mcmaster

B.) Los usuarios que deseen utilizar el sistema de facturación de British Columbia deben utilizar el siguiente comando (reemplace

****** con la clave que creó al instalar MySQL):

./createdatabase_bc.sh root ****** oscar_mcmaster

Los usuarios OSCAR que no son de Ontario ni de British Columbia pueden correr cualquiera de los dos (es necesario correr alguno, recomendamos el de Ontario) y luego adaptar el sistema de facturación acorde a sus necesidades. Sin importar el script que seleccione debería obtener una respuesta similar a la siguiente. (Observe que no se reporten errores y que la última línea le recuerda que las credenciales por defecto expirarán):

Ahora deberá mover el archivo oscar_*.properties a $CATALINA_HOME.

sudo cp $HOME/src/oscar_source/oscar_mcmaster/install/oscar*.properties $CATALINA_HOME

sudo ln -s $CATALINA_HOME/oscar_mcmaster.properties $CATALINA_HOME/oscar.properties

El archivo oscar.properties debe ser modificado para establecer una configuración especifica de su instalación.

sudo vi $CATALINA_HOME/oscar.properties

Usuarios de Ontario probablemente querrán realizar los siguientes cambios (Cuidado no deje espacios en blanco al final de ninguna línea!)

db_password=******* ### cambiar por la clave de la base MySQL

isNewONbilling=true

billregion=ON

billcenter=R ### cambiar a su número local OHIP

phoneprefix=705-

Usuarios de British Columbia probablemente querrán realizar los siguientes cambios

db_password=******* ### cambiar por la clave de la base MySQL

visitlocation = P1|PEMBERTON

dataCenterId = 00000

msp_error_codes = # ingresar la ubicación del archivo de errores msp billregion=BC NEW_BC_TELEPLAN=yes CDM_ALERTS=250,428,4280 COUNSELING_CODES=18220,18120,17220,17120,16220,16120,13220,12220,12120,00120

phoneprefix = 613-

pathnet_url= # ingresar la ubicación del Pathnet DLL

pathnet_username= # ingresar el usuario para acceder al sistema

pathnet_password= # ingresar la clave del usuario

Ahora configuraremos Tomcat. Primero daremos más recursos a OSCAR, modificando el archivo de configuración, para que Drugref 2/3 corra correctamente.

sudo vi /etc/default/tomcat6

Encuentre las siguientes secciones y cámbielas como se ve abajo. Asumimos que tiene al menos 1Gb de RAM.

# Arguments to pass to the Java virtual machine (JVM).

JAVA_OPTS="-Djava.awt.headless=true -Xmx1024m -Xms1024m -XX:MaxPermSize=512m -server"

Ahora habilitamos la nueva interfaz echart (ficha de consulta).

cd $HOME/src/oscar_source/oscar_mcmaster/database/mysql

java -cp .:$CATALINA_BASE/webapps/oscar/WEB-INF/lib/mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar importCasemgmt $CATALINA_HOME/oscar.properties

y ajustamos algunas tablas (reemplace****** con la clave MySQL).

mysql -uroot -p****** oscar_mcmaster ### para ingresar a la línea comandos de mysql

mysql> insert into issue (code,description,role,update_date) select icd9.icd9, icd9.description, "doctor", now() from icd9;

mysql>quit; ### para salir de mysql

Y finalmente creamos un directorio, con permisos de lectura y escritura para cualquier usuario, para exportar datos demográficos.

sudo mkdir /usr/local/temp sudo chmod 666 /usr/local/temp

`Drugref2/3`

Descargue los binarios y copie el archivo WAR a $CATALINA_BASE

wget http://drugref2.googlecode.com/files/drugref.war

sudo mv drugref.war $CATALINA_BASE/webapps/drugref.war

Para la base de datos puede utilizar MySQL o Postgres. Utilice un editor de texto para crear el archivo drugref.properties

sudo vi $CATALINA_HOME/drugref.properties

Ingrese las siguientes lineas en drugref.properties y guardelo (reemplace ****** con la clave MySQL).

db_user=root db_password=****** db_url=jdbc:mysql://127.0.0.1:3306/drugref db_driver=com.mysql.jdbc.Driver

Por motivos prácticos en el tutorial utilizaremos MySQL. Debemos crear una base de datos vacía con el nombre drugref (reemplace

****** con la clave MySQL):

mysql -uroot -p*******

mysql> create database drugref;

mysql> quit;

Reinicie Tomcat

sudo /etc/init.d/tomcat6 restart

Para cargar datos a la base de datos deberá abrir el navegador y dirigirse al servidor. Si instaló el servidor localmente en una versión de escritorio de Ubuntu copie en la barra de direcciones lo siguiente:

http://localhost:8080/drugref/Update.jsp

(Si realizó la instalación mediante un túnel SSH deberá abrir el puerto 8080 en el contrafuegos y cambiar localhost por la URL del servidor)

Exceptuando el símbolo de cargando página, parecerá que NADA ocurre durante aproximadamente media hora. Es un buen momento para tomarse un café.

Cuando regrese debería ver una página como la siguiente.

`Update Drugref Database!`

Table Name	Number of Rows
CdVeterinarySpecies	5583
Interactions	3872
CdDrugProduct	39328
CdDrugSearch	86252
CdDrugStatus	124244
CdActiveIngredients	109956
CdInactiveProducts	59060
CdTherapeuticClass	42694
CdCompanies	43628
CdForm	50971
CdPharmaceuticalStd	23836
CdPackaging	43971
CdRoute	47135
LinkGenericBrand	39298
CdSchedule	43842

Time spent on importing data: 13 minutes

Time spent on new generic import: 8 minutes

`Probando`

Ya podemos verificar la instalación básica. Para comprobar la conexión, abra el navegador y en la barra de direcciones ingrese la de su servidor. Si instaló el servidor localmente en una versión de escritorio de Ubuntu copie en la barra de direcciones lo siguiente:

http://localhost:8080/oscar

Debería ver la página de ingreso a OSCAR.

Los usuarios y contraseñas por defecto son:

User Name: oscardoc
Password: mac2002
2nd Level Passcode: 1117

miércoles, 29 de septiembre de 2010

Instalación OSCAR 10.06 en Ubuntu 10.04

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`Drugref2/3`

`Update Drugref Database!`

`Probando`

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